Tale metodica presenta alcune controindicazioni, legate all'applicazione di un forte campo magnetico al corpo (effetto simile a quello di una calamita), pertanto non può essere effettuato su pazienti portatori di pace-maker
o defibrillatori automatici, neurostimolatori
e bisogna sempre valutare i dispositivi impiantati chirurgicamente (è bene segnalare sempre ogni intervento subito), su portatori di frammenti/schegge metalliche. Nelle donne in gravidanza è utile valutare la possibilità di rimandare l’esame se non strettamente indispensabile almeno oltre il primo trimestre.
E’ necessario rimuovere lenti a contatto, apparecchi per l’udito, trucco (se la parte da studiare è l’encefalo o il massiccio facciale), oggetti metallici (gioielli, orologi, occhiali, protesi dentarie, piercing…) busti e parrucche.
Le donne portatirici di spirale endouterina (IUD)
devono, anche a giudizio dello specialista, rivalutare il corretto posizionamento dopo l’esame.
Nella sede di tatuaggi, soprattutto se non recenti (uso di pigmenti metallici) si possono creare irritazioni della pelle e alterazioni del disegno stesso.
La somministrazione del mezzo di contrasto
può in rari casi determinare reazioni di tipo allergico. L'allergia si può manifestare con sintomi lievi, come prurito, nausea e vomito e, solo in casi eccezionali, scatenare reazioni più gravi che il personale è comunque pronto a fronteggiare. E’ necessaria la valutazione della cretininemia in caso di insufficienza renale. E’ necessario mantenersi a digiuno da almeno 4-6 ore prima della somministrazione del mezzo di contrasto.
È molto importante portare sempre gli esami precedenti qualora fossero presenti. È necessario che i pazienti minori siano accompagnati dai genitori. Nel caso in cui questo non fosse possibile, occorre che chi li accompagna porti con sè la dichiarazione sostitutiva compilata e firmata dal genitore.